Die Kernelemente von Darwin‘s Choice sind die Tier- und Biomkarten. Alle Biome weisen ein individuelles Nahrungsangebot auf und stellen unterschiedliche Anforderungen an ihre Bewohner.

Das Ziel der Spieler ist das Erschaffen möglichst optimal angepasster Tierarten. Denn nur diese können in den Biomen genug Nahrung für sich erobern, was für ihr Überleben entscheidend ist.

Zwischen den gespielten Zeitaltern verändern Biomwechsel und Ereigniskarten die vorherrschenden Bedingungen. Mit durchdachten Mutationen können die Spieler schon etablierte Tierarten noch besser an ihr Biom anpassen oder bedrohte Arten vom Aussterben bewahren.

Mutationen sind jedoch nicht die einzige Möglichkeit Tierarten neu zu positionieren. Spieler dürfen ihre Tierarten auch in andere Biome ziehen, um so ihr Überleben zu sichern oder sie sogar an der Spitze der Nahrungskette zu etablieren.

Durch das Spiel hindurch versuchen die Spieler mit ihren anpassungsfähigsten und stärksten Tierarten möglichst viele Darwinpunkte zu sammeln. Doch müssen sie bis am Schluss aufmerksam bleiben, denn stirbt eine Tierart aus, dann gehen alle von ihr eroberten Darwinpunkte bis auf einen ebenfalls verloren.